Για να λειτουργήσει το fuel cell χρειάζεται υδρογόνο. Τα fuel cells δεν είναι μορφή ενέργειας αλλά μια «αποθήκη ενέργειας». Το υδρογόνο δεν βρίσκεται ελεύθερο στην φύση. Για να παραχθεί χρειάζεται να διασπαστεί το νερό σε υδρογόνο και οξυγόνο. Αυτή η διαδικασία της διάσπασης απαιτεί ενέργεια. Χρησιμοποιείται λοιπόν ηλεκτρική ενέργεια για να διασπαστεί  το νερό. Σαν συνέπεια η ρύπανση του περιβάλλοντος μετατοπίζεται στο σημείο που παράγεται η ηλεκτρική ενέργεια.